Tot 1674

Tot 1674 kon het zeewater vrij de Vecht op- en afstromen met het getij en dat gaf vaak overstromingen. Ook was het in tijden van oorlog lastig om de polders onder water te zetten om de vijand tegen te houden, want het water liep bij eb weer weg via de Vecht. Daarom besloten de Staten van Holland en West Friesland in 1673 om de sluis van Hinderdam bij Nigtevecht te verplaatsen naar Muiden. Bijkomend voordeel was dat men dan kon beschikken over zoet water voor Amsterdam. In 1674 werd de sluis gebouwd in Muiden. Een eenvoudige houten ophaalbrug werd over de middelste sluiskolk gelegd.

1809 – 1812

Tussen 1809 en 1812 werd er een grootscheepse restauratie uitgevoerd aan de sluis. De vijf openingen aan de zeezijde werden teruggebracht tot drie. De ophaalbrug werd vervangen door een dubbele klapbrug en houten draaibruggen over de oost- en westkolk. Keizer Napoleon inspecteerde het werk tijdens zijn bezoek aan Muiden in 1812.

1870 – 1876

In 1870 werd de klapbrug vervangen door een draaibrug in verband met de komst van de Gooische Stoomtram. Over de westkolk kwam een vaste brug. In 1876 werd de draaibrug voorzien van een smeedijzeren leuning, gemaakt door de Muider smid H. Melis. Kosten: 944,61 gulden.

1928 – 1945

In 1928 werd de tol op de sluisbrug, waarvan al sinds 953 sprake is, opgeheven na heftige protestacties van automobilisten, aangevoerd door de Bussummer Floris Vos. In 1930 werd er een groot gemaal op de Zeesluis gebouwd door de ingenieur van Rijkswaterstaat, Anton Mussert. Doel was het overtollige water van de Vecht bij ongunstige wind over de sluisdeuren heen te pompen om zo overstromingen te voorkomen. Het gemaal deed maar enkele keren dienst en werd in 1941 weer afgebroken. Op 16 april 1945 probeerde de Duitse bezetter de polders rond Muiden onder water te zetten. Zij bliezen de ebdeuren van de oostkolk op en er was veel schade aan de sluis, het sluishuis en de omgeving.

1975 – nu

In 1975-1976 werden de Groote Zeesluis en de sluisbrug ingrijpend gemoderniseerd. Voortaan werd alles machinaal bediend, waar voorheen nog met mankracht werd gewerkt. Een groot feest werd er gevierd toen de restauratie klaar was. Hoogheemraadschap Amstel Gooi en Vecht nam in 1979 het beheer van de sluis over en voerde de heffing van sluisgeld in. Later werd dat weer afgeschaft. Er zijn nu plannen om de Groote Zeesluis geheel met camera’s te bewaken en de bediening op afstand te gaan doen.